Nascido em Lausanne em 30 de Outubro de 1943, é professor honorário na Universidade de Lausanne e um especialista reconhecido internacionalmente nas origens do cristianismo, tendo dedicado grande parte de sua carreira à investigação académica e ao ensino. Nas suas próprias palavras, Marguerat descreve o trabalho que faz desta forma: «A crítica das fontes legitima¬-se com o seguinte axioma: para ser correctamente compreendido, um texto deve ser situado na história que o produziu.»
O foco da sua pesquisa é principalmente o estudo de Jesus histórico e a construção da Teologia Paulina. Marguerat é considerado um dos pioneiros da análise narrativa da Bíblia no mundo francófono, destacando-se pelo seu livro Pour lire les récits bibliques, em 1999. É ainda especialista no estudo das origens do cristianismo, sendo autor de um importante comentário sobre os actos dos apóstolos, já traduzido para vários idiomas, publicou inúmeras obras sobre Jesus de Nazaré e co-dirigiu Le Nouveau Testament commenté.